本劇場版分兩部分，實際上是替換95原版番劇的最後兩集，劇情接續原版第24集的結尾。原版最後兩集完全架空劇情，純粹秀了一場有關人物內心世界的哲學探討，而替換後的劇場版加強了劇情方麵的陳述，並拓寬了哲學思辨層麵的深度和廣度。在第一部分《Air》中，明日香成功走出哀大莫過於心死的漫長心結，終於發揮出最強實力，而碇真嗣的性格則向自閉自責的深淵一路滑落，永無止境，令人納罕。第二部分《真心為你》將科學和哲學有機融合起來，二者擁有一脈相承的幻想基因，劇情晦澀。在不斷強調個人心之壁壘和EVA的A·T力場的對等隱喻之時，劇場版追加了對生存現實、性幻想和生命起源等問題的思索，在表現形式上更加恣意隨性，大量運用文藝片意識流的鏡頭手法，甚至直接插入真人畫麵。如果說原版結局是回歸生活，那麽劇場版的結局則是邁向新生。